r、距離行列そしてNJ法

　MYTKさんとの科研費でSSR解析をしている。目的はとある行動がどのように進化してきたかの道筋を追うことである。mtDNAで解析したら、ちょっと？？？であった。そこで、nDNAでと思ったのだが、よく考えたらSSR解析の結果を使えば良いじゃんということを思いついた（あほです）。で、nDNAのシーケンスを止めた。
　さて、どうやって描けば良いのだろうか？といろいろ調べたのだが、観ただけではやっぱだめ。やっぱり、手を動かすに限る。

まず、ここでは距離行列ができたとする。
a,b,c,d,eという５つのグループでの距離行列とする。
テキストエディターで
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a,b,c,d,e
1,,,,
4.725108,1,,,
1.372943, 4.600435,1,
4.135837, 2.220284, 4.311534,1,
2.020896, 3.608861, 1.844573, 3.59159,1
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を適当につくる（実は適当ではなく山田　亮さんの遺伝統計学の基礎からお借りしました）。

次に、これを読み込む。コピーしてデータを読み込む。
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#####テキストファイルからデータを読み込む#####
Dataset <- read.table("clipboard", header=TRUE, sep=",", na.strings=c("", "NA"),
dec=".", fill=TRUE, quote="\"", strip.white=TRUE)
Dataset <- read.table("clipboard", header=TRUE, sep=",", na.strings=c("", "NA"),
dec=".", fill=TRUE, quote="\"", strip.white=TRUE)
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次にdata.dという中に距離行列として格納する。
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data.d<-as.dist(Dataset)
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次にパッケージからapeを読み込む
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apeはRでパッケージの読み込みから入れる

Binaries will be installed
URL 'https://cran.cnr.berkeley.edu/bin/windows/contrib/3.3/ape_5.1.zip' を試しています
Content type 'application/zip' length 2078211 bytes (2.0 MB)
downloaded 2.0 MB

パッケージ 'ape' は無事に展開され、MD5 サムもチェックされました

ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
C:\Users\Owner\AppData\Local\Temp\Rtmp4sP8AB\downloaded_packages

パッケージ−＞パッケージのインストール-＞ape
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次に、libraryでapeを入れ、nj法で描く。
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library(ape)
treu<-nj(dist(Dataset))
plot(treu)
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無根の書き方
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plot(treu, type="u", main="u")
plot(treu, type="r", main="r")
plot(treu, type="c", main="c")
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さて、次はブートストラップのお勉強。