2014-08-01から1ヶ月間の記事一覧

論文

アクセプトされた論文の書類をカキコ。

支部会あれこれ

先日支部会報を発行したので会費などの事務処理に追われる。

コツブ

なぜかコツブは3個体中2個体分がきれいにできていた。 NJで系統樹をば。 結果としてSpaeramene属かなというところまでしかわからなかった。じゅじゅちゃんどう思いますか?

DNAシーケンス

いつものように朝一でシーケンサーにかける。Oriusの方は上手くいくのだろうが、コツブの方が心配。学生とのゼミが終わったらできあがり。

とばテン 餌メニュー解析

とばテンの餌メニュー解析を行う。昨日から今日にかけてDNeasyでDNAを抽出。さっき、PCRをかける。今日はご指定のタバココナジラミ。 食べていました。

コツブ

PCRの結果 となりTM値が低くて非特が出ているが、とりあえずムシしてシーケンスの準備。 これで配列がよく分からなかったら 再度TM値をあげてPCR、シーケンス。 ちなみにこれは16S。 また、バクテリア拾わなければ良いのだが・・・

OriusのNaチャネル

先週に引き続き他のバンドをシーケンスするために準備にいそしむ。

コツブDNA

結局コツブはDNAバーコード用では全然ダメ(バクテリアをひろった)で再度やり直し。等脚類用かと思ったのが、シロアリ用・・・PCR終わったあと気づく。トホホ。で、執念で等脚用の16Sでやり直し。

組換え委員会

午前中は組換え委員会のお仕事。トホホ。

広島の災害

知り合いのご実家が安芸にあるのでメール。下の方にご実家があるそうで無事だそうだ。

DNAシーケンス

朝一でDNAのシーケンスをしている。外は雷と激しい雨。シーケンサーが止まらないことを祈ります。

某県の評価委員

某関西の県から事業の評価を頼まれた。ここ何年かこの県の事業やらプロジェクトの評価をしている。で、忘れないうちに評価をして送付。

Orius Naチャネル 選抜

選抜をかけたOriusごとにDNAを抽出。今回はAmpliaq 360とKODと両方行った。KODは出過ぎでABIは最小。やはり使い分けが大事ですね。

Oriusクローニング 続き

第二段 電気泳動の調子がこっちの方がよかった。結構いろんなパターンがあるもんだ。 プライマーのサイズを考慮してシーケンスを行おう。

コツブムシ

瀬戸内のコツブムシもDNeasyを使ってDNA抽出。下の「Taqの違い」の右マーカーの横のものが結果。3つやって2つからDNA抽出。なんか効率が悪い。とりあえず、明日Oriusといっしょにシーケンスの準備。

Taqの違い

発生予察プロの最後のまとめ部分で必要なtaqによるバンドの出方を比べる。 やはり 1位がKOD、2位がAmpdirect、堂々(?)3位がAmplitaq 360であった。 KODを進めたいが、混ぜ混ぜが多すぎてきっと間違う人が多くなるのだろうなあ。 Ampdirectが一押しなの…

Oriusクローニング

Oriusの汎用性プライマーを作るために適当にDNAを抽出したものからクローニング。 とりあえずしっかりとれたので明日はシーケンスの準備。 また、各選抜をかけたOriusから抽出したDNAを今日PCRする。

論文

Reviewから返ってきた論文がずっとほったらかしだったので今週と来週は集中的にがんばりましょう。依頼されたreviewと新しい論文カキコはちょっとほったらかし。

クローニング

ホワイトコロニーは思いのほかたくさんあった。おかげでPCRをたくさんしなければいけない。クローニングは昔はめんどくさかったけれど出来ないの試薬を使えば失敗はほとんどない。

系統樹

シーケンスの結果を利用してこの生物はなんという名前かということを調べる。今回はアブラムシ。

実験

クローニングを行った。とりあえずのところまで進み、明日がPCRとなっている。次に、発生予察のPCRを行う。ABI 360、AmpdirectおよびKODを比較してみる。 また、瀬戸内の預かり物のCOI領域を解析。

会報送付

応動昆の支部会報を袋詰めして郵便局へ出しに行く。毎回この郵便局でシッタモンダがあるのだが、今日はあっという間に受け付けていただいた。ラッキー。

論文

いま新しい論文を書いているのだが、introductionを書いたものがどこかへ消えてなくなった。トホホ。某学会の再レビューが2つあるようだが、1つは断ったはず・・・もう一つはどないしまひょ。この2つ私の書いた通りにほとんどしていない・・・ 外国のrevie…

実験いろいろ

DNAの抽出実験。Oriusと某瀬戸内の等脚類をDNeasyで。以前PCRをかけたOriusの産物をクローニングするために培地作りとベクターへ。発生予察のまとめのためのPCR実験を行う。

Naチャネル

この間Oriusから抽出したDNAとRNAでNaチャネルの部分配列を解析する目的でPCRを行った。 きちんとDNAでとれた。が、taqの差ってやっぱり大きい。Ampdirect恐るべし。