アブラムシ特異的プライマー

 本年度からの課題で土着の捕食性天敵がどの害虫を食べているかを明らかにすることになった.天敵は寄生性と捕食性(この場合捕食寄生性以外)に分かれる.捕食性は直接観察などをしなければ何を食べているかが明らかにならない.そのため,害虫を食べている「だろう」ということしか評価できない場合が多い.最近のDNAの技術を利用すればお腹の中の消化しかけのやつがどんな餌であるかがわかるようになってきた.その技術を利用して捕食性天敵の評価をしようというものだ.以前高知のITさんやうちの学生たちがアザミウマについて特異的プライマーをある程度作成している.あと,神戸大学のYMSK君やMET先生などどコナガやハスモンヨトウ用のプライマーも作成している.今回はアブラムシ用をとりあえずは作ろう.と,いうことで共同研究者のABさんからプライマーを作成したいアブラムシの種名を教えてもらった.GenBankから標本が残っていることが約束されているシーケンスデータを取り出し系統樹を描いてみた(アライメントを人に見せてもなんのことかわかりにくいから).

rootはない(midpointになっている).
 結構きれいに分かれたから特異的プライマーを作成することは難しくないだろう.
 さて,論文を書こうっと.

 ところで,じゅじゅちゃんへ.
 ダンゴムシが何を食べているかがこの方法でわかりますよ.