やりとり

　静岡大学のTGM先生と共生微生物Wolbachiaの全ゲノムを解析しようと考えている。どのWolbachiaが良いかカリフォルニア大学リバーサイドのStouthamer先生に相談した。ターゲットのTrichogrammaという寄生蜂は小さいので共生微生物のゲノムを集めるのがたいへんだよ、ということ。いえいえ、共生微生物を細胞培養して増やす予定。参考にと彼のMLST解析結果を添付してくれた。WolbachiaのTrichogrammaにおける感染経路を明らかにする目的で私もMLSTをやろうとしていたが、中止することに決定。宿主の核やミトコンドリアゲノム解析からアプローチすることにする。
　ハスモンヨトウという害虫の特異的プライマーを作成し続けている＾＾；なかなかうまくいかない。なんでじゃろ？もう一度検討し直すため、神戸大学のYさんからハスモンヨトウのCOI領域シーケンスデータを送ってもらった。最初、私の解析したデータとClustalWでアライメントしたら全然違っていた。で、CLC DNA Workbenchというソフトで反対の反対にABIのアナライザーから出てきたDNAシーケンスデータをいじくってアセンブルしてアライメントしたら全く同じシーケンスデータであった。次に、Primer3を使って1本プライマーを設計した。さらに、捕食性天敵アト○○のCOI領域とアライメントして違っている配列の部分を利用してもう一本プライマーを設計した。さっそく、インビトロジェンに注文。うまくいきますように。